|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Vizualizace výrazů procesní algebry pi-kalkul
Prokopová, Dagmar ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Rychlý, Marek (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problémem vizualizace výrazů procesní algebry pi-kalkul. Teoretická část práce pojednává jak o obecných principech procesních algeber, tak i o specifických vlastnostech konkrétních modelů se zaměřením na procesní algebru pi-kalkul. Součástí je rovněž srovnání několika textových a grafických reprezentací výrazů. Hlavní část práce se pak zabývá návrhem a implementací aplikace pro převod textové reprezentace výrazů na grafickou. Vedle textové a grafické reprezentace byla navržena také interní stromová reprezentace určená pro práci s výrazy uvnitř aplikace. V práci jsou také popsány algoritmy pro vyhledání proveditelných redukcí, pro provedení redukce a pro zjednodušení výrazů, které pracují s navrženou stromovou reprezentací.
|
|
|
Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí
Pražák, Ondřej ; Kolářová, Jana (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.
|
|
|
Vizualizace výrazů procesní algebry pi-kalkul
Prokopová, Dagmar ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Rychlý, Marek (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá problémem vizualizace výrazů procesní algebry pi-kalkul. Teoretická část práce pojednává jak o obecných principech procesních algeber, tak i o specifických vlastnostech konkrétních modelů se zaměřením na procesní algebru pi-kalkul. Součástí je rovněž srovnání několika textových a grafických reprezentací výrazů. Hlavní část práce se pak zabývá návrhem a implementací aplikace pro převod textové reprezentace výrazů na grafickou. Vedle textové a grafické reprezentace byla navržena také interní stromová reprezentace určená pro práci s výrazy uvnitř aplikace. V práci jsou také popsány algoritmy pro vyhledání proveditelných redukcí, pro provedení redukce a pro zjednodušení výrazů, které pracují s navrženou stromovou reprezentací.
|
|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Grafická reprezentace genomických a proteomických sekvencí
Pražák, Ondřej ; Kolářová, Jana (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Úprava sekvencí DNA a jejich vhodné zobrazení je důležitou součástí analýzy, porovnání a dalšího zpracování. Úkolem této práce je seznámení s vlastnostmi genomických a proteomických sekvencí a nalezení metod pro jejich zobrazení. Z důvodu velkého množství postupů a jejich dělení, je v této práci uvedeno pouze několik zástupců. Všechny metody popsané v textu jsou dle zadání naprogramovány v prostředí Matlab. Pomocí krátkých sekvencí DNA několika živočichů jsou vyzkoušeny a porovnány s originálním výzkumem. Některé metody obsahují, vedle grafického zobrazení, i příklad dalšího zpracování, převážně podobnostní analýza. Závěrem práce je porovnání výsledků analýzy a vybrat nejvhodnější metodu.
|
host ::
RSS.